光遗传学系统的实验流程如下：

  将光敏感蛋白基因在目标细胞内表达：目前已经有公司销售带有光敏感蛋白基因的载体病毒。通过直接注射等方式将病毒转染进入细胞内。病毒携带的启动子等工具基因会将光敏感蛋白表达在细胞膜上。
  植入光纤导管或光遗传电极：向注射病毒的位置植入光纤导管、光遗传电极、带有给药管的光纤导管等。通过光纤导管输入特定光刺激，以启动或抑制光敏感细胞。

  收集光刺激的结果：光刺激之后的细胞、组织或生物体会出现相应的变化。