脑立体定位仪经过搬动或长期不用后，使用前需先加以校验。重点是检验电极移动架各滑尺是否保持直角，可用三角板测定各滑尺所成的角度是否是直角;各衔接部与螺丝有没有松动;滑尺是否太松;检查主框两臂的平行情况;观察固定头的装置两侧对称程度，小框是否与主框平行。

　　检查脑立体定位仪*后，可进行下列校验性操作：

　　1、将两侧耳杆柱旋松，在主框上前后滑动，然后再按照原规定刻度装好，看两侧耳杆尖是否*对正。

　　2、取下一侧耳杆，将一侧电极移动架装好，前后左右上下移动各滑尺，使装在电极夹上的金属定位针尖正对耳杆尖的中心，记下各滑尺的刻度读数，再卸下移动架再装上，并按上法测定耳杆尖的部位，记下三个滑尺的读数，反复操作取平均数首先将放置水平的脑立体定位仪上的两个滑道，按实验的要求调节好合适的高度后。

　　3、然后再用水平尺调正好两个滑道的前后、左右水平。这时再把安置在滑道上的手动微推进器按上面的刻度调节垂直。

　　确定脑立体定位零点，小鼠脑定位的系统大致分两种：

　　1、用耳间线中心定位，首先将两个耳棒在脑立体定位仪滑道中间部位彼此相接触(两个耳棒读数相同)，旋紧镙丝。

　　2、取下一侧耳棒，另一耳棒不动。调节移动推进器，使校验电极与耳棒的中心点相触，即为A点(即耳间线中心点)，并记下刻度值。

　　3、将推进器水平移动到门齿钩的上方，将门齿钩平面与校验电极相触。这时就定出外耳道中心点与门齿牙板上面上沿之间的水平切面0点，记为H0。这时，动物的前囟和后囟基本处在一个水平面上，相差0-0.1mm。另外，规定耳间线中心点以上为+，向下为-;向嘴侧为+，向尾侧为-。

　　4、用颅骨标志定位(常用前囟)，即以前囟为嘴尾侧0点，由前囟向嘴侧为+，向尾侧为-，其它与上面定位方法相同。